Antes de la llegada de los españoles, las razas primitivas del territorio de Anáhuac practicaban, una disciplina militar, política, agrícola y cultural entre otras. El distinguido maestro Piña Chan afirma que el territorio de nuestra entidad federativa había sido ocupado por el hombre desde hace más de 20 mil años y que su vida sedentaria se inicia hasta el año 5 mil a.C. En la región de Amatepec se encuentran lugares inexpugnables y olvidados de centros ceremoniales de nuestras culturas prehispánicas donde vivieron parientes de la realeza azteca.
Existen zonas arqueológicas que ya son reconocidas por autoridades federales, estatales y municipales, de los que se pueden mencionar: las Trincheras de Pedro Ascencio, Peña que Responde, La Calavera y San Gaspar entre otros sitios que merecen atención y que se localizan fisiográficamente dentro de la región de Amatepec-Tlatlaya comprendida dentro de las atribuciones montañosas del eje volcánico donde encontramos a dos ramales de montaña que van paralelas de norte a sur, la sierra de la Goleta y el sistema montañoso de Amatepec--Tlatlaya, donde se asentaron la cultura chontal y mexica, ubicándose estratégicamente desde el punto de vista militar para defenderse de los ataques militares y de la conquista territorial de los tarascos.
Los sitios arqueológicos citados anteriormente, fueron utilizados como guarniciones defensivas-ofensivas, en contra del Imperio Tarasco, sus vecinos.
En la municipalidad de Amatepec, existen varias figuras de barro y piedra de tipo chontal y azteco-chontal; también hay pequeñas cimentaciones de origen habitacional donde se han encontrado vestigios de cerámica y restos humanos, en las montañas de la Goleta y sierra de Amatepec, así como en las partes bajas del municipio, como en Corral de Piedra, Huiztitla, Chapuluapan y San Felipe Atenco entre otras comunidades del municipio.
Los primeros pobladores de la región de Tejupilco, Temascaltepec, Texcaltitlán las fronteras de Sultepec y Amatepec fueron los otomíes y los tenochcas, adoraban al Dios Quequezque, equivalente a los dioses tenochcas, Texcaltiploca y Xiutlecutli, los tenochcas habitaron Amatepec cuando Xelhúa ocupó el valle de México, de 1475 a 1476 el rey azteca Axayácatl, conquistó a los matlatzincas, sólo hasta temascaltepeque, hoy Valle de Bravo, y no conquistó Tejupilco, Temascaltepec, Texcaltitlán, y mucho menos Sultepec y Amatepec.
La evangelización se llevó a cabo en 1526, los primero evangelizadores fueron los descendientes del Tlatoani Chimalpopoca rey azteca y la primera evangelización se llevó a cabo en el Veladero.
El primer encomendero de Amatepec fue don Juan de Saucedo, fue fundador de más de diez Reales de Minas desde 1527 a 1534.
La minería en Amatepec se inicia por el año de 1531 y en pocos años había en esa población una creciente colonia de españoles mineros.
En 1536, Hernán Cortés compró por la cantidad de 6,230 pesos, 70 esclavos indios en las minas que Juan Cuevas tenía en Amatepec, otros fueron adjudicados presos en la conquista, algunos de los indios que compró Cortés eran menores de 15 años, lo que estaba en contra de las disposiciones reales que había dictado Carlos V, con fecha 20 de febrero de 1534, que prohibía tomar como prisioneros a las mujeres y niños menores de esta edad.
Por el año de 1548, según la descripción que hace Peter Gerhard, se forman dos divisiones políticas por un lado Texcaltitlán que tenía bajo su jurisdicción a Temascaltepec y Tejupilco, la segunda comprendía al partido de Amatepec con las siguientes estancias: Almoloya, Tlatlaya y Sultepec así como la de Aquiapa y dos de Hueyxagualco, en este mismo año existían en las poblaciones citadas un total de 464 casas y 698 tributarios. Antes de 1569, en Amatepec había 1335 indígenas mineros y 3500 familias.
Amatepec formó parte de la República de Indios de Sultepec, en los pueblos de indígenas de Santiago Clacoyac, Coatepec, Santa María, Cuayula, Santa Cruz y Santo Tomás entre otros pueblos prehispánicos.
En 1697, contaba ya Amatepec con un título de tierras, otro más lo obtuvieron por 1755 a 1758; el primero fue otorgado durante el reinado de Carlos ll siendo Virrey de la Nueva España don Agustín de Ahumada y Villalón Marqués de Amarillas, el segundo título, según la cronista titular de Amatepec profesora Silvia Minerva Domínguez Segura, está en manos del señor Andrés vecino de la delegación de los Timbres.
La inquisición en Amatepec. En la época de la Colonia se llevaron a cabo los nombramientos de Comisarios, Blasfemias, Ministros del Santo Oficio y Permisos solicitados a la Santa Inquisición.
El año de 1683 el licenciado José de Villarubia Ponce de León, cura beneficiado de Amatepec y Tlatlaya, denuncia ante Juan Gómez de Mier, inquisidor, a Manuel de Rocha Barreto, por blasfemo.
En 1729, se nombró comisario interino de la inquisición y de notario con facultad de traer vara de alguacil mayor, a favor de Juan García y José Costilla asignados para Amatepec y Tlatlaya respectivamente.
En 1752-53, el bachiller Vicente Antonio Molina, cura vicario incápete y juez eclesiástico de San Gaspar Amatepec, fue nombrado en su jurisdicción y distrito, como comisario interino y calificador de la inquisición del pueblo de Amatepec.
Entre los hechos interesantes que debe registrar la historia de Amatepec es que el entonces coronel Juan Rafols, el 29 de agosto de 1819, obliga a Vicente Guerrero a refugiarse en la Goleta, en las fronteras de esta comunidad, el 5 de octubre del mismo año el comandante general J.C. Armijo, se percata de que Vicente Guerrero y Pedro Ascencio se habían fugado de sus fuertes de Goleta dirigiéndose por Amatepec a la hacienda de Dolores y que Guerrero se encaminaba por Guayabal a la Sierra de Nanchititla y que, en una legua de distancia las gavillas de éste, de Ascencio e Izquierdo, los separaban y no fueron alcanzados por haberles impedido el paso la gran corriente del río de Truchas en el Paso del Xumate.
En esta región también merodeaban las gavillas insurgentes de los Ortíz de la Goleta y los Ayala, quienes fueron acosados por el coronel realista José Córdoba. Por otra parte Armijo seguía su marcha sobre Nanchititla en persecución de Guerrero, Ascencio e Izquierdo, a los que presumiblemente Armijo creía tener desarmados o en su defecto, impedirles el paso hacia Zitácuaro.
Las primeras autoridades de Amatepec fueron gobernadores nombrados por los indios, sujetos éstos a las autoridades españolas representadas por un alcalde.
Cuando se consolida la Independencia de México se elabora la primera memoria de gobierno con fecha 15 de febrero de 1826; en ella se menciona a Amatepec contando con un ayuntamiento y como consecuencia este como municipio, y posteriormente se adopta Amatepec como decreto de erección el No. 309 de fecha 20 de Mayo de 1833.
El ayuntamiento estuvo integrado por las siguientes personas: Alcalde Constitucional, C. Cirilo Trujillo de la Hacienda del Palmar; como regidor primero, C. Manuel Benítez; de la Hacienda de la Goleta, el segundo regidor fue don Miguel Ocampo, de la cabecera municipal; el Sr. Alejo José como tercer regidor; el cuarto regidor Macedonio Medina originario de Tlatlaya; el quinto regidor don Hipólito Casiano de Coatepequito y el procurador Síndico don José María Avilés de la cabecera municipal de Amatepec.
En esta época grupos políticos se caracterizaron por tomar las riendas del país unos proponían sostener una época de orden y gobierno a los que se les conoció como conservadores, a la oposición que se les llamó los liberales, proponían un gobierno de orden civil que limitara el gran poder que tenía la iglesia, en esta época se crearon leyes en contra del clero.
El 18 de julio de 1854, en el pueblo de San Miguel Ixtapan Tejupilco, el coronel Orihuela establece un destacamento, esto motivó que las fuerzas establecidas en este punto y las de Amatepec al mando de José María Romero, quemaron los archivos parroquiales de este lugar, a cuyos habitantes también les quitaron semillas y aves de corral.
Los habitantes del territorio de Amatepec a consecuencia de las graves circunstancias se vieron obligados los señores perfectos municipales y demás autoridades a permanecer en parte algunos en Tejupilco otros en esta cabecera y la mayor parte de los vecinos en los montes.
La revolución mexicana iniciada en 1910, fue el movimiento social más importante del México de hoy, provocó un cambio en el ámbito estatal y municipal repercutiendo en forma profunda en el municipio de Amatepec, acontecieron varios enfrentamientos entre ricos y pobres, hacendados y jornaleros que fueron explotados en la fuerza de trabajo en lo económico y en lo moral, en 1911 cuando aparecen los pronunciados rebeldes sin tener un control político y militar, surge el revolucionario Melesio Albarrán, que al grito de "Viva Zapata" se lanza contra el gobierno establecido en la cabecera municipal, donde se encontraba guarnecido el teniente Agustín Salinas.
El 22 de enero de 1912, entraron en la cabecera municipal 200 indígenas que se levantaron en armas, durante abril y mayo continuó la lucha zapatista que enarbolan los grupos de Melesio Albarrán, Francisco Gómez y Tranquilino Benítez. El 7 de abril del año en curso entraron a San Miguel Amatepec y atacan también a la cabecera municipal con 500 hombres los guerrilleros Rafael Salgado hermano de Jesús H. Salgado, Marcelino Díaz, Genaro y Bartolo Basave.
El 25 de junio en Amatepec se encontraban 150 revolucionarios, mismos que desalojó el jefe político de Sultepec cuando se pretendía establecer a las autoridades municipales de los municipios de Amatepec y Tlatlaya. El 29 de enero fueron desalojadas de la población de Amatepec fuerzas revolucionarias zapatistas que sumaban más de mil hombres.
De agosto a diciembre de 1912 la actividad política se intensifica en la región sur del estado, la población de Amatepec con frecuencia vivía en zozobra ya que comúnmente se veía atacada.